Palazzo Papafava ospitò numerosi personaggi storici in visita alla città di Padova, quali l’Imperatore d’Austria-Ungheria Francesco Giuseppe, il Re d’Italia Umberto I e l’Imperatore Pedro del Brasile. Ai tempi dell’ultimo conflitto mondiale fu sede del rettorato dell’Università di Padova e, istituita la Repubblica Sociale Italiana vi fu ubicato il Ministero dell’Educazione Nazionale.